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Naruto tras conocer por Mizuki que el motivo por el que todos le odian es porque lleva a Kyūbi (zorro de nueve colas) en su interior, decide con más aplomo aún convertirse en Hokage para que la gente deje de odiarle.

Como genin, es colocado en el grupo 7, junto a Sakura Haruno , y Sasuke Uchiha. Como sensei del grupo se elige a Kakashi Hatake, que tenía la fama de que ninguno de los grupos a los que había entrenado habían conseguido pasar su prueba inicial. La prueba consistía en conseguir quitarle uno de los dos cascabeles que llevaba. Aquel que no lo consiguiera, volvería a la academia. El secreto de la prueba es el trabajo en equipo. No lo consiguen ninguno, y él castiga a Naruto sin comer, y les prohíbe a sus compañeros que le den comida, bajo pena de suspender todos y tener que dejar de ser ninjas para siempre. Pero ellos deciden darle, cuando creen que Kakashi no está. En ese instante aparece Kakashi enfurecido y luego les dice que han aprobado, porque han sabido cuidar de su compañero en lugar de ser egoístas y quedarse con su aprobado para ellos solos.

EN EL PAIS DE LA OLA

A partir de entonces empiezan a encargarles misiones, pero ninguna de relevancia o dificultad real. Naruto, impaciente, pide al tercer Hokage que les asigne algo más difícil, a lo cual les encomienda una de grado C (las anteriores eran todas de grado D). Esta consiste en escoltar al señor Tazuna, un maestro constructor de puentes, hasta el País de la Ola, de donde es natural. La misión, en apariencia sencilla, se complica cuando un enemigo de Tazuna, el mafioso Gatō contrata a Zabuza Momochi, un peligroso ninja renegado de la Aldea Oculta de la Niebla, para asesinar al constructor.

En el primer enfrentamiento, Kakashi queda atrapado por la técnica de Prisión de Agua de Zabuza. Naruto logra trazar rápidamente un plan y con ayuda de Sasuke consiguen hacer que Zabuza libere a Kakashi, quien logra ponerlo contra las cuerdas, pero antes de que logre darle el golpe final, Zabuza es aparentemente asesinado por un ninja rastreador de su propia aldea, el grupo llega a su destino, y esperan allí un tiempo hasta que Kakashi recupere fuerzas tras usar su Sharingan. En este período Naruto aprende a moldear mejor su chakra, con un entrenamiento de subir árboles andando sobre la corteza.

Finalmente Zabuza reaparece, pues en realidad el que había simulado su muerte era su discípulo Haku. En la pelea siguiente Kakashi Hatakederrota a Zabuza definitivamente, pero tanto Sasuke como Naruto son acribillados por las técnica de agujas de Haku, quien es casi de su misma edad, pero muy superior a ellos. Aquí, en un momento de rabia por ver su desesperada situación, ya que Sasuke cae inconsciente ya que al ser el único que podía ver las agujas decidió salvar a Naruto, Naruto se deja llevar por la incontenible fuerza del Kyūbi, con lo que consigue vencer a Haku, aunque no de manera definitiva.

Mientras tanto, en el otro lado del puente, Zabuza se encontraba atrapado por Kakashi y su jutsu de invocación con sus perros rastreadores, y cuando Kakashi se disponía a atacar mortalmente a Zabuza, Haku da su vida para salvarle. Naruto, indignado por este sacrificio, le dice a Zabuza que Haku fue más su compañero y que no era justo que no sintiera nada por su muerte, removiéndole estas palabras de tal forma que este finalmente llora y decide hacer una buena acción asesinando a Gatō.

Tras los acontecimientos posteriores y su charla con Haku sobre si los ninjas no son más que meras herramientas, Naruto toma la decisión de tomar su propio camino del ninja y no echarse atrás en ninguno de sus propósitos.

EL EXAMEN CUUNIN

El equipo de Naruto fue propuesto por Kakashi para presentarse al examen de ascenso a chūnin que se celebraba en ese momento. Conocen a Kabuto Yakushi, que se presenta como un genin de la aldea que ha intentado aprobar ya 7 veces el examen. Tras una primera prueba en que Naruto aprobó por suerte y por su fuerte determinación, pasaron a la segunda, un examen de supervivencia y lucha en el bosque de la muerte, una zona vallada dentro de la aldea. Cada equipo recibe aleatoria mente un pergamino de los dos tipos existentes, cielo y tierra, y debe llegar a una torre en el centro de la zona con los dos tipos de pergamino, lo que implica haber luchado con otros para conseguirlos.

Su equipo es atacado por un misterioso personaje que más tarde se revela como Orochimaru, un ninja legendario, huido de Konoha. Consigue vencerles y marcar a Sasuke con un sello maldito de su invención. Más tarde se encuentran con Kabuto de nuevo, el cual les ayuda a derrotar a un grupo de genin de la Aldea Oculta de la Lluvia y así conseguir el pergamino que les falta.

Una vez en la torre, se ven forzados a participar en unos combates preliminares para eliminar ninjas, puesto que el número de grupos que han llegado con éxito es mayor de lo esperado. Finalmente llega su turno, y Naruto queda emparejado con Kiba Inuzuka. Aunque inicialmente el combate no se pone del todo de su lado, un golpe de suerte consigue que venza a Kiba y a su perro Akamaru.

Tras estos primeros combates, se anuncia que disponen de un mes para seguir entrenándose y recuperar fuerzas para los verdaderos combates finales. Naruto pide a Kakashi que le entrene, pero él ya ha elegido a Sasuke, así que le asigna a Ebisu. El entrenador, aunque no es del agrado de Naruto, empieza a enseñarle como andar sobre el agua usando chakra. Pero en el transcurso de esta iniciación, se topan con Jiraiya, el cual deja fuera de combate a Ebisu. Como de alguna forma ha contraído una deuda con Naruto ya que interrumpió su entrenamiento, accede a entrenarle él mismo. Así, Jiraiya libera el sello que había hecho Orochimaru al chakra del Kyūbi durante su encuentro en el bosque, y le enseña a dominar este segundo tipo de energía proveniente del demonio. Jiraiya hace que Naruto firme el contrato con los sapos de las montañas para poder invocarlos, pero su poco talento para manejar chakra hace que por más que lo intente no logre sino invocar renacuajos. Para forzarle a usar la energía del zorro, Jiraiya le lanza por un precipicio. En ese momento de desesperación, Naruto consigue contactar internamente con el demonio y usando su chakra logra invocar por primera vez a Gamabunta, el cual no se siente muy alegre de que le hayan convocado, por lo que intenta sacudirse a Naruto, aunque finalmente reconoce que no le cae mal y que tiene fuerza.

Finalmente llega la siguiente fase, y Naruto debe luchar contra Neji Hyūga, alguien con mucho más talento para las artes ninja. Aunque el combate inicialmente se decanta en contra de Naruto, sirviéndose del chakra de Kyūbi y de su habilidad para sorprender, consigue vencer a su rival contra todo pronóstico. Durante el posterior combate de Sasuke contra Gaara se inicia la invasión a Konoha por parte de Orochimaru y laAldea Oculta de la Arena.

LA INVACION DE LA ALDEA DE LA HOJA

Durante el combate de Sasuke y Gaara se inicia un ataque sorpresa por parte de Aldea Oculta de la Arena y la Aldea Oculta del Sonido.Gaara huyó del combate para recuperarse de las heridas y poder liberar al Shukaku en su interior junto a Temari y Kankurō, siendo perseguidos por Sasuke, seguido de Naruto, Sakura, Shino y Shikamaru. Finalmente, aunque Sasuke se enfrenta a Gaara quien ya empezaba a despertar el Shukaku y a asumir la forma de este con arena sobre su cuerpo que además de regenerarse lo protegía, este resulta no ser rival ya que al no poder usar más de dos impactos del chidori Sasuke se fuerza a un tercero lo que reactiva el sello maldito que posee dejándolo inutilizado para la pelea, Gaara ataca a Sasuke pero Sakura lo defiende. Entonces el Shukaku atrapa con la arena a Sakura. Es entonces cuando Naruto decide pelear hasta el final para salvar a sus amigos, y sobre todo a Sakura. Primero hace una invocación y solo logra conseguir a Gamakichi, viéndose envuelto en un combate muy desigual con algunas sorpresas pero luego usa su kage bunshin no jutsu que empieza a nivelar la pelea ante la sorpresa de todos. Cuando parece que va lograr la victoria Gaara libera la forma definitiva del Shukaku destruyendo los miles de clones al mismo tiempo que aumenta a un tamaño colosal, Gaara contraataca con su entierro de arena. la única opción de Naruto es defenderse para lo que invoca a Gamabunta este no quería entrometerse en la pelea al ver su rival, pero es convencido porGamakichi, que estaba agradecido porque durante la pelea Naruto recibió impactos del Shukaku para defenderlo. Es entonces cuando la pelea sube de nivel y Gaara decide liberar por completo el poder del Shukaku, con su técnica del sueño fingido. Siguiendo el consejo del sapo, se lanzan contra el Shukaku para intentar despertar a Gaara y detener así el poder total del Bijū. Como Gamabunta no puede agarrarse a él tiempo suficiente como para que Naruto salte encima del tanuki y despierte a Gaara, hacen una transformación combinada, en el sapo, con elchakra de Naruto toma la apariencia de Kyūbi. De esta forma, consiguen sacar a Gaara del trance y disminuir el poder del demonio pero la pelea no termina en ese punto Gaara aprovecha que Naruto está sobre el cuerpo de arena para intentar de nuevo su entierro de arena Gamabunta lo defiende rodeando a Naruto con su lengua lo que resulta ineficaz. en el último momento de desesperación Naruto trata de liberar por voluntad propia un poco del chakra del Kyuubi y lanzándose sobre Gaara este lo detiene en el aire con su arena, pero Naruto se encontraba tan cerca que pudo acertar un fuerte cabezazo que acabo con la forma del Shukaku, al mismo tiempo que Gamabunta se retiró por haberse quedado sin energía. los dos quedaron solos en un duelo frente a frente que terminó con un impacto doble en el aire en el que los dos cayeron severamente heridos aunque sus cuerpos estaban inutilizados Naruto siguió tratando de arrastrarse por el suelo hacia Gaara lo que lo llenó de pavor y se da cuenta de lo fuerte que es la gente cuando trata de defender a otros.

La tenaz resistencia que muestra Naruto cuando se trata de proteger a sus amigos y a su aldea acabará haciendo que Gaara cambie su forma de entender la vida. Tras el fin de la fallida invasión Naruto regresa a Konoha para descubrir que Sarutobi se ha sacrificando para defender la aldea de Orochimaru. Sin embargo, la vida sigue en la aldea. Siguiendo el legado del Hokage.

EL REGRESO DE ITACHI

Jiraiya convence a Naruto para que le acompañe en la búsqueda de Tsunade, una antigua amiga y excepcional ninja médico, diciéndole que le enseñará un movimiento mejor que el chidori de Sasuke. La intención real del sannin es proteger a Naruto de la Organización Akatsuki, que anda buscándole para capturar a Kyūbi y usarlo para sus propios fines.

Itachi Uchiha y Kisame Hoshigaki, miembros de dicha organización consiguen distraer a Jiraiya e intentan capturar a Naruto, pero la aparición de Sasuke les interrumpe: busca venganza contra su hermano mayor por haber matado a todo su clan. Itachi está a punto de matarle con su técnica Tsukiyomi cuando aparece Jiraiya y obliga a los dos miembros de Akatsuki a huir con la técnica que lleva a cabo, teniendo Itachi que usar la técnica Amaterasu para escapar.

Jiraiya le cuenta a Naruto el motivo por el que le persiguen, y él se da cuenta de que tiene que hacerse más fuerte para protegerse a sí mismo y a los demás de estos nuevos enemigos.

LA BUSQUEDA DE TSUNADE

Durante la búsqueda de Tsunade, para que ocupe el puesto de Godaime Hokage, Jiraiya decide enseñar a Naruto a utilizar el Rasengan, para el cual Naruto tiene que llevar a cabo un duro entrenamiento.

Naruto y Jiraiya llegan a Ciudad Tanzaku donde encuentran a Tsunade. Ésta ve en Naruto un gran parecido con su difunto hermano Nawaki por su deseo de convertirse en Hokage y por su personalidad.

Naruto no desea que alguien como ella sea Hokage, pues este tiene que dar la vida por la aldea y, ya que ella dice que no le interesa dicho puesto, finalmente Naruto acaba luchando con Tsunade. La ataca con su recién aprendido Rasengan pero ella consigue esquivarlo (habiendo completado solo 2 de los 3 pasos necesarios para aprenderlo). Aun así, Tsunade apuesta con Naruto de que si aprende a dominar elRasengan en el plazo de una semana lo reconocerá como a un futuro Hokage, y además le entregará el colgante del Primer Hokage y si no se quedaría con su dinero.

Naruto sigue entrenando durante una semana, de tal forma que cuando tiene lugar la pelea entre los tres sannin, él ya puede realizar elRasengan al completo. Naruto se lanza contra Kabuto para proteger a Tsunade, lanzándole un potente Rasengan a Kabuto que este es capaz de resistir gracias a sus habilidades como ninja médico. Naruto cae debilitado al borde de la muerte pero Tsunade le salva la vida gracias a suninjutsu médico. Tsunade se identifica con Naruto y le entrega el colgante del primer Hokage como muestra de agradecimiento.

Con Naruto fuera de combate, empieza la lucha entre los 3 sannin, que acaba en la derrota y huida de Orochimaru. Naruto y Tsunade vuelven a enfrentarse, pero Tsunade para el combate y le reconoce como un futuro Hokage, dándole un beso en la frente en lugar de golpearlo. Al regreso de ellos a Konoha, Tsunade es nombrada Hokage.

LA HUIDA DE SASUKE

Después de que Sasuke decidiera seguir a los sirvientes de Orochimaru para ir a entrenar con él y así poder derrotar a su hermano Itachi, Konoha lanzó una misión para detenerle y hacerle regresar. En ella estaban Shikamaru Nara, Neji Hyūga, Chōji Akimichi, Kiba Inuzuka y Naruto. El grupo se fue disgregando para poder afrontar a los cinco del sonido, y finalmente sólo quedó Naruto para luchar contra Kimimaro. En su ayuda apareció Rock Lee, por lo que Naruto pudo perseguir a Sasuke para intentar que volviera.

Dado que Sasuke tenía el firme propósito de dejar atrás a Konoha y a sus antiguos amigos, Naruto decidió que le llevaría aunque fuese a rastras, por lo que se enzarzaron en una pelea de grandes proporciones. Naruto acabó liberando una de las colas del Kyūbi, y Sasuke liberó el sello maldito en nivel dos. Finalmente se lanzaron el uno a por el otro esgrimiendo Rasengan y Chidori. En el impacto, Sasuke consigue dejar fuera de combate a Naruto. Con Naruto fuera de combate, Sasuke huye. Poco después apareció Kakashi con Pakkun y llevaron a Naruto de vuelta a la aldea, donde la misión fue declarada fallida aunque sin bajas que lamentar. Naruto recibió, mientras se recuperaba de sus heridas en el hospital, la visita de Jiraiya, que le dijo que sería su maestro en los siguientes tres años, tiempo que tenían hasta que Orochimarupudiera ocupar el cuerpo de Sasuke, y hasta que Akatsuki volviera a por el Kyūbi.